In der Schweiz gibt es 5 Kirchen (Zürich, Basel, Bern, Genf und Lausanne) und mehrere Missionen (Luzern, Tessin, Vevey, Zug). Sie sind eigenständige Vereine mit einem eigenen Vorstand und eigenen Statuten. Die meisten der Vereine sind im Handelsregister eingetragen. Finanziell sind sie unabhängig voneinander.
Die ersten Scientology Vereine wurden 1974 in Zürich und Basel gegründet, im nächsten Jahr folgte Bern. Es gibt keinen Verein „Scientology Kirche Schweiz“, nationale Aktivitäten werden von der Scientology Kirche in Zürich koordiniert.